水资源与生态环境保护研究所主要开展：（1）水文水资源调查评价；（2）水利发展规划，水资源规划、保护与管理科技咨询、技术服务；（3）水资源论证，防洪评价、洪水影响评价，水文分析与计算，水质、水环境监测研究及技术咨询服务；（4）水生态修复与治理，水生态保护与发展研究；（5）生态环境发展规划及水环境综合治理研究与科技服务；（6）相关政策、理论研究，规划策划，咨询设计服务，有关交流与合作。